兵科给事朱童蒙疏劾都御史邹元标、副都御史周从吾建坛讲学、醵金立院之非。标等上疏自理，上优诏答之。工科给事郭与治复劾内有「比拟妖贼」诸语，上责其狂悖，夺俸。于是元标、从吾五疏乞休；元标即移家出城，遂予告驰驿去。翰林修撰文震孟上言勤政讲学之实，留中；庶吉士郑鄤疏促之，俱降调。太仆少卿满朝荐上言：『国事颠倒』，成于陛下者十之一、二，成于当事大臣者十之八、九』。疏入，除籍为民。
　　十一月，以赵南星为都察院左都御史。
　　十二月，以顾秉谦、魏广微为大学士，入阁办事。
　　三年二月，夺御史周宗建俸。南京御史徐世业劾宗建保举熊廷弼，宗建疏辨，词连郭巩，有『结交宫闱、献媚进忠』之语；中旨切责。
　　冬十月，以杨涟为右佥都御史，协理院事。
　　四年二月，推南京吏部尚书邹元标，中旨以衰老罢之。
　　夏四月，吏都尚书赵南星上言：『吏部四司，惟稽勋司一人，余司皆二人；以稽勋事寡也。然今日之稽勋皆储为文选、考功之用，宜就近推补司官，不拘资格，一省不妨二人』。引陆光祖调吏部吕坤、黄克念等同邑同司之例为言，上从之。于是南星调职方司、郎中邹维琏为稽勋，主外察。维琏与原任主事吴羽文皆江西人。羽文遂拘旧事求去，维琏亦不敢履任；刑科傅櫆疏侵之，羽文求去益坚，维琏亦上疏力辞。櫆复疏以佥都御史左光斗、吏科都给事魏大中交通故内监王安、中书汪文言；诏下言于狱，严讯之。光斗上疏自理，大略为：『櫆之意不利于稽勋有邹维琏、铨司有程国祥、吏垣有魏大中，故欲一网去之』；且指其冒东厂理刑傅继教为兄弟，布置窟穴。大中亦上疏辨；得旨：命大中赴任供职。御史袁化中、给事中甄淑相继为光斗辨。大学士叶向高请骸骨，疏曰：『臣十八疏乞归，皇上谓时艰主忧，臣即去何安！顾臣罪戾多矣，即如科臣傅櫆所论汪文言，实臣具题。左光斗、魏大中之善文言，尚属暖昧；而臣之用文言，则事迹甚明。臣取罪之故，当听公论；不敢妄辨，以滋纷纭。耿耿愚忠，窃谓言官之讦奏，衅不可开；驾帖之拏人，渐不可长。惟皇上罪臣一人而稍宽其它，于以释宫府之嫌、消缙绅之祸』。上慰谕留之。已而大中既莅任，复传旨诘责：大中、櫆情事未明，何得赴任？櫆乃上言明旨不宜二三，中旨恐开旁窃、纠近臣以自解。
　　七月，大学士叶向高予告回藉。向高再入相，政移忠贤；同事者更希意阿旨，向高动即掣肘。杨琏二十四罪疏上，忠贤恨刺骨；御史林汝翥忤珰，群珰围向高第索之。向高知时不可为，发愤决去；疏三十三上，后得请。
　　左都御史高攀龙纠劾贪污，御史崔呈秀落职回籍。呈秀巡按淮阳，有狼藉声；吏科都给事魏大中发其馈遗，攀龙因考察劾罢之。已而，呈秀以魏珰义子起用。
　　冬十月朔，有事太庙，辅臣魏广微不至；魏大中纠其无礼，指称惟奢安不拜正朔。广微深衔之，上疏自辨。御史李应升复疏纠之，谓广微不可见乃父于地下；广微见疏恚甚。广微父，魏允贞也；尝为谏官，得罪阁臣去。降吏科都给事魏大中、吏都员外夏嘉遇、御史陈九畴三级，调外。吏部尚书赵南星、左都御史高攀龙乞罢，许之；给事中沈惟炳疏救不允，亦调外。时推山西巡抚，南星以太常卿谢应祥沈静有为，欲以处之，言于员外夏嘉遇。嘉遇述其意于湖南道御史袁化中，化中深然之。及化中途逢大中，告以故：先是，应祥令嘉善，大中知其才守，遂会推焉。陈九畴有私恨，遂言应祥昏耄，大中以门墙私之；互相奏辨。有旨会勘；吏部坐台臣论人失实上，中旨以朋比切责之，降大中等。于是南星、攀龙皆引罪去；大学士韩爌力救，不听，引疾归。已而刑部尚书乔允升、吏部侍郎陈于庭、都御史杨涟、左光斗、太常卿谢应祥、部属张光前、邹维琏、科道袁化中、许誉卿等一时尽黜，部署皆空。户科给事中陶崇道上言：『诸臣各执成见，不无异同；尤望皇上尽入陶镕，化其畛域。而天语频烦，责以朋比；彼此之互异既章，水火之情形立见。虞廷黜陟，不过贤奸；唐，宋末流，可为殷鉴』！疏入，降调。
　　十二月，起徐兆魁为吏部左侍郎，朱童蒙、郭允厚、李春煜太仆寺少卿，徐大化、吕云鹏、孙杰大理寺寺丞，霍维华、郭与治、杨维垣等皆科道。以御史梁梦环追论，复逮汪文言。自是罗织靡已，杨涟、魏大中相继毙于狱。御史蕃疏劾辅臣朱国祯。时韩矿既去，魏广微未得为首辅，嗾蕃劾之。
　　五年秋八月，御史张讷请废天下书院，杀熊廷弼。初，杨、左事起，以移宫为案；但属杨、左，与顾大章等无与也。已复改为封疆；周朝瑞曾疏荐廷弼，而顾大章与杨维垣相疏辨，与杨、左又无与也。乃以封疆牵入移宫，于是一网尽矣。
　　七年八月，上崩，无嗣，遗命以信王入继大统。诛魏忠贤、客氏，其党相继伏法。
　　冬十月，吏科都给事中陈尔翼上言：『东林余孽遍布长安，每欲因事起衅，忧不在小；乞敕下厂卫严缉禁之』。上曰：『群臣流品，先帝澄汰已分。朕初御极，嘉与士大夫臻平康之理，毋事揣靡形影，以滋争竞』！
　　十一月，户部员外王守履劾崔呈秀荐旧辅韩爌；上以韩爌清忠有执，下所司知之。