三十六年五月，礼部主事郑振先劾辅臣朱赓、李廷机大罪十有二，指一贯、赓、廷机为过去、现在、未来三身，布置接受，从风而靡。上以其诬诋，谪普安州判。
　　九月，先是王锡爵辞召，手疏言：『皇上于章奏一概留中，特鄙弃之如禽鸟之音，不以入耳；然下以此愈嚣。臣谓君父至尊，必自立于无过之地。请幡然降旨，尽除关税，召还内差；散内库之有余，济边储之不足。天下必欢呼踊跃，以颂圣德。留中章疏亦自有缓急，如推补九卿以吏部、都察院为先，庶官以科道为急。科道考选久停，与其故裁抑，留不肖以塞贤者之涂；孰若稍疏通，简新进以决旧日之壅。此今日揽权上策也』。时疏甚密，而都御史李三才钩得之，泄言于众，谓锡爵以台省为禽兽。于是，南京户科给事中段然首论锡爵与朱赓密揭擅权乱政，不报。起孙丕扬太子少保吏部尚书。
　　十月壬戌，起吏部文选郎中顾宪成为南京光禄少卿，辞不至。丙寅，工科给事中何士晋劾锦衣卫左都督王之桢为辅臣爪牙心腹，极宜显斥；礼科给事中张凤彩、刑科给事中萧近高、给事中张国儒交章纠王锡爵、朱赓，国儒言台省五十余人共纠朱赓奸状，而尚书赵世卿典媚之。俱不报。
　　十一月壬子，朱赓卒于官。赓性淳谨，同乡沈一贯当国，善调护，故妖书、楚狱，其祸不蔓。赓卒，廷机当首揆，言路益攻之。廷机决计不出，叶向高独相，而攻廷机者未已也；遂移居演象所之真武庙。乞放凡五年，至万历四十年始得请，寒暑闭门，无履迹。
　　三十七年春二月丙寅，御史郑继芳劾工科右给事中王元翰贪婪不法；元翰亦奏辨继芳为王锡爵、申时行吐气。初，给事中王召徽善汤宾尹，营入阁甚急；尝语元翰曰：『公语言妙天下，即一札扬汤君，汤君且为公死，世间如汤君可恃也』。元翰辞焉。绍徽衔之，因嗾继芳摭元翰。
　　夏四月，吏科纠擅去诸臣。初，工科给事中孙善继拜疏竟去，刘道隆继之，王元翰、顾天峻、李腾芳、陈治则各先后去；命削善继籍、道隆等各降秩。时南北科道互相攻讯，至不可问。户科给事刘文炳请召邹元标，不报。
　　十二月乙丑，工部主事邵辅忠论总督漕运李三才结党遍天下，前图枚卜、今图总宪；四岳荐鲧、汉臣谀莽，天下之大可忧也。时三才需次内台，辅忠首劾之，继以御史徐兆魁；三才奏辨。工科给事中马从龙、御史董兆舒、彭端吾、南京工科给事中金在衡交章为三才辨，俱不报。三才负才名，初为山东藩皋有声，民歌思之；抚淮十年，方税珰横甚，独能捕其爪牙，以尺棰毙大盗。三才多取多与，收采物情，用财如流水；顾宪成之左右誉言日至，宪成信之，亦为游扬。三才尝宴宪成，止蔬三、四色；厥明，盛陈百味。宪成讶而问之，三才曰：『此偶然耳！咋偶乏，即寥寥；今偶有，故罗列』。宪成以此不疑其绮靡。至是，挟纵横之术与言者为难，公论绌之。
　　三十八年五月壬子，吏部主事王三善乞勘李三才，不报。前吏部郎中顾宪成遗书叶向高，谓『三才至廉至淡谟，勤学力行，为古醇儒，当行勘以服诸臣心』。时给事中金士衡、段然力保三才；给事中刘时俊、兵部郎中钱釆争之，纷如聚讼。
　　三十九年二月戊子，总督漕运李三才免。
　　三月，吏部尚书孙丕扬纠御史金明时倡言要挟逃察，命下都察院议处。初，明时巡关，劾宝坻知县王淑汴——吏部右侍郎王图子也。及临京察，知不免，遂先发攻王图；御史史记事论之，明时奏辨。主事秦聚奎言：『明时论王图在去年十二月，丕扬论明时在今考察一日，而卒之明时挠察之疏杳于无闻。大臣结党欺君，天下大势趋附秦人；今之丕扬，非复昔之丕扬矣』！于是吏科都给事中曹于汴、御史汤兆京、乔允升俱以挠察论聚奎，丕扬奏参聚奎，并以汤宾尹等七人访单送内阁，阁臣叶向高疏如丕扬指；金明时以不谨免，寻以辨疏犯御讳削籍。四月庚辰，计疏下，命秦聚奎闲住，南京国子监祭酒汤宾尹、郎中张嘉言、主事徐大化、御史刘国缙、王绍徽、乔应甲、岳和声降调有差。五月，给事中朱一桂、御史徐兆魁疏称：『顾宪成讲学东林，遥执朝政，结淮抚李三才倾动一时；孙丕扬、汤兆京、丁元荐角胜附和，京察尽归党人』。不报。翰林院修撰韩敬疾去。敬先师事汤宾尹，在礼闱越房拔为第一。敬有时名而好纵横之学、恣色货之好。时攻宾尹，因及敬。
　　四十年二月癸未，吏部尚书孙丕扬挂冠，出都。