四十一年二月辛丑，御史刘延元劾光禄寺少卿于玉立依附东林，风波翻覆，宜显斥。不报。十月，礼科给事中元诗教言：『今日之争，始于开户；门户始于东林，东林倡于顾宪成，刑部郎中于玉立附焉。宪成自贤、玉立自奸，贤奸各还其人，而奔竞招摇，羽翼置之言路、爪牙列在诸曹，关通大内，操纵朝权。顾宪成而在，宁愿见之哉』！末刺及叶向高，向高奏辨。
　　四十二年八月癸卯，大学士叶向高致仕。十一月，御史刘廷元参李三才占厂盗皇木，结交内侍起官；御史刘光复、给事中宫应震等交章论之。命给事中吴亮嗣往勘，亮嗣报其实；下三才舍人于理。三才寻削籍。
　　四十五年三月京察，革刑部主事王之寀职为民，窦子偁、陆大受皆被斥。时叶向高既去，方从哲独相，庸庸无所短长。吏部尚书郑继之主察，徐绍吉、韩浚佐之。之寀初争挺击，为韩浚所纠，部处坐以贪污。子偁、大受有清操，持论与之寀合，亦被逐。时上于奏疏俱留中，无所处分；惟言路一纠，其人自罢去，不待旨也。于是台省之势，积重不返，有齐、楚、浙三方鼎峙之名。齐为元诗教、韩浚、周永春，楚为宫应震、吴亮嗣；浙为刘廷元、姚宗文，势张甚；汤宾尹辈阴为之主。宾尹才名而淫污，辛亥京察被斥；至是典竣，韩浚以问乡人给事中张华东，华东曰：『王之寀论甚正，何为重处之』？浚惊愕不语。
　　四十六年十二月，主事邹之麟夺职闲住。之麟负才名，附给事中元诗教、韩浚，求转吏部不得，遂讦奏诗教、浚，又擅离任，被斥。
　　四十七年十二月，会推阁员，礼部左侍郎何宗彦以吏科给事中张延登不署名，不得预；御史薛敷教、萧毅中、左光斗、李征仪、倪应春、彭际遇、张新诏等交章惜之。而礼科都给事中元诗教、兵科薛凤翔又屡驳，具如延登指；各归责于辅臣元从哲，从哲奏辨。俱不报。先是，国本之论起，庙堂益相水火。上颇厌恶之，斥逐相继；持论者益坚，乃一切置之高阁。方从哲独相七年，上喜其无能而安之；山东赵焕为冢宰，诗教又从哲门人，故其势尤张。已而邹之麟倡言：张凤翔为选君，必以年例处姚宗文、刘廷元；齐、浙遂离。之麟既被黜，其友夏嘉遇、魏光国、尹嘉宾、锺惺皆有才名，俱改用；而嘉遇素洁清，亦与众共摈。赵兴邦为兵垣，仍入礼闱；之麟、嘉遇遂纠之，并及诗教。言路合疏纠嘉遇，兴邦遽升京卿；御史唐世济助嘉遇攻兴邦，而元、赵之势衰。时廷议所喧持者唯禁道学一事，吏治、边防俱置不理。
　　泰昌元年（即万历四十八年也）八月己酉，起邹元标为大理寺卿。科臣惠世扬上言：『君子小人之进退，关系国家之治乱。然小人不退，则君子不进』；吏部尚书周嘉谟奏列建言得罪诸臣王德完等三十三人，于是、王德完、孟养浩、锺羽正、满朝荐等悉起部寺诸官。
　　壬戌，以侍读学士刘一憬、韩爌为礼部尚书兼东阁大学士，直文渊阁；仍谕内阁：特召旧辅叶向高。初，光宗践祚，逾月崩，未及用向高等；熹宗既即位，乃遣行人征之。
　　十一月，结事中惠世扬遇灾陈言，因参大学士孙如游荐高攀龙、刘宗周、孙居相、刘策、王之寀、陆大受等。
　　十二月，大学士方从哲致仕。从哲以红丸、移宫二案，台省交章论之；至是，归。
　　天启元年春正月，兵科给事中杨涟予告回籍。涟以移宫一案，御史贾继春侵之，涟因乞归。御史马逢皋上言：『杨涟何罪？无罪即功。功在安社稷，罪在攻大珰；罪珰未诛，而发珰罪者先作楚囚，君子退、则小人进矣』！二月，御史周宗建上言：『国家之治乱，由于议论之公私。皇祖戊申以后、沈一贯未败之时，在朝者岂无君子？而一杂以小人，则沈鲤可逐、郭正域可芟、察典可坏，大狱可兴；时则有钱梦皋、康丕扬为之首。庚戌、辛亥之交，在朝者岂无君子？而一杂以小人，则大贪之淮抚可保、极险之铨佐可阿、直节可摧、清流可放；时则有史记事、徐缙芳等为之首。壬子、癸丑之交，在朝者岂无君子？而一杂以小人，则学差可摈、考选可排、吏兵之诸事可日试以为尝、考察之把持可一纲以无阱；时则有元诗教、赵兴邦为之首：有如今日三咨并下，君子进庸矣。而臣窃为先事之虑者，以用人言之：如所引董应举、高攀龙、史孟麟、李邦华、熊明遇、魏云中等二十余人，类皆磊落奇才。如必借此相引，积横之贪邪，亦思梯架于月旦；穷凶之丑类，尚留春梦于余灰。将朝廷大公之盛举，翻作臣下市德之私缘：臣之所谓不得不虑也。以移宫言之：如方震孺、毛士龙等十有余章，阐发既明。在科臣，杨涟洁志远嫌，不难听召用于他日；台臣，贾继春质心爱主，何妨付定论于国人！若复侈谈羽翼、追忆几筵，欲扫疑端，愈僧滋蔓：又臣之所谓不得不虑也。臣请约言之：铨除在真品，毋容夹杂以同升；朝论在舆评，毋轻出言以佐斗：国家要以边事为首务，毋自起室内之戈！今日终以君德为大本，毋徒为将顺之节』！
　　三月，起刘宗周礼都主事、王之寀刑部主事、高攀龙光禄寺丞。
　　八月，给奉圣夫人客氏地。以陵工成，命叙录魏进忠；御史王心一、马鸣起、吏科给事侯震旸、倪思辉、朱钦相等先后纠之，降调有差。
　　二年春正月，起吏部郎中赵南星为太常寺卿。
　　三月，礼科惠世扬疏参辅臣沈漼借募兵之名为护身之术，阴使其党晏日华潜入大内诱刘朝等练兵，再见江彬之事；外戚郑养性厚募死士，有违祖制。不听。御史侯震旸亦以劾漼，调外。六月，刑部尚书王纪奏劾『辅臣沈漼巧能移人主之视听、力足倒天下之是非，交结权党、诛锄臣士；黄台瓜词已赋，同文馆狱将兴』。又曰：『臣指其蔡京，而漼不肯受；试取惠世扬、周朝瑞、魏大中、董羽宸等疏一一读之，则京之为京，隐括于此矣』！上以烦言责之。漼寻予告回藉，纪革职为民。
　　八月，以杨涟为太常寺少卿。